7 czerwca 1981 r. Arcybiskup Bari Mons. Mariano Magrassi wzniósł Muzeum Diecezjalne w Bari. Intencja ta została zainspirowana dyktatami Soboru Watykańskiego II, aby uniknąć „świętych mebli i dzieł, które są cennymi ozdobami z domu Bożego, sprzedawanych lub rozproszonych”. Początkowo służył jako miejsce do przechowywania dzieł sztuki i sakralnego wyposażenia kościołów w stanie opuszczenia starożytnego miasta Bari i całej diecezji. Muzeum zostało oficjalnie otwarte 16 czerwca 1983 r. 12 września 1996 r. Powstała pierwsza wystawa sali skarbowej, hali Exultet i galerii sztuki. 11 września 1998 r. Zainaugurowano lapidarium Sali Błogosławieństwa, Exultet II i III oraz salę ornatu kościelnego na drugiej działce. Po wysiedleniu biur Kurii przez arcybiskupa Francisa Cacucciego, pozostała część pierwszego piętra została zaprojektowana jako muzeum.