Il Museo si trova all’interno del palazzo centrale universitario, affacciato sul cortile dei caduti, l’antico cortile medico dell’Università.

Inaugurato nel 1936, conserva manoscritti, testi a stampa, strumenti scientifici preparati anatomici e naturalistici che costituiscono una testimonianza della storia dell’Ateneo a partire dalle sue origini medievali.


Alla seconda metà del secolo XVIII - quando, a seguito delle riforme volute dall’imperatrice d’Austria Maria Teresa, l’Università di Pavia divenne uno centri scientifici più all’avanguardia in Europa - risalgono i nuclei originari delle collezioni principali, la sezione di fisica, raccoltasi intorno agli strumenti dell’antico laboratorio di Alessandro Volta, e la sezione di medicina, erede delle collezioni anatomiche che Antonio Scarpa aveva organizzato proprio nei locali che attualmente ospitano il Museo.


Nella sezione di medicina, articolata in tre sale, si conservano strumenti e preparati che rimandano all’attività della scuola anatomica di Antonio Scarpa e al museo di storia naturale di Lazzaro Spallanzani, entrambi giunti a Pavia alla fine del XVIII secolo, ai progressi nel campo della chirurgia e della clinica attraverso i secoli XIX e XX, con figure quali Luigi Porta e Carlo Forlanini, e all’attività della scuola scientifica fondata da Camillo Golgi, il primo italiano a vincere – nel 1906 – il premio Nobel per la medicina grazie alla messa a punto di un metodo istologico che pose le basi delle moderne neuroscienze.

Nella sezione di fisica è stato ricostruito il Gabinetto di Fisica di Alessandro Volta, che si trovava originariamente al primo piano, affacciato sul portico legale, in locali adiacenti al Teatro fisico.


Sotto la direzione di Volta, a partire dal 1778, il Gabinetto venne attrezzato con gli strumenti più nuovi per la didattica e la ricerca e divenne un luogo ammirato da numerosi visitatori italiani e stranieri. Una seconda sala accoglie gli strumenti utilizzati dai successori di Volta nel corso dell’Ottocento.


Il Museo conserva anche un archivio che copre un arco cronologico dall’inizio del XV al XX sec. La documentazione, particolarmente interessante per quanto riguarda la storia della medicina, costituisce una importante integrazione di quanto conservato all’Archivio di Stato di Pavia (antico archivio dell’Università) e all’Archivio storico dell’Università.