Il Museo diocesano si trova in piena zona pedonale nel centro storico cittadino. L'edificio in cui ha sede il museo è l'antico Oratorio di San Bernardino, risalente al XV secolo e situato laddove la cinta muraria aveva una porta di ingresso per chi arrivava da Genova.

Dopo essere stato soppresso dalle riforme napoleoniche è stato a lungo sede della Pubblica Assistenza cittadina, l’edificio è stato recuperato a fini espositivi nell’ambito del programma di apertura al pubblico dei Musei Diocesani della Spezia, Sarzana e Brugnato. La necessità di una triplice sede è scaturita dalla complessa vicenda della diocesi nata a Luni, trasferita nel 1204 a Sarzana, privata di una porzione territoriale con la creazione nel 1133 della diocesi di Brugnato da parte della neonata arcidiocesi di Genova, e del trasferimento della sede episcopale alla Spezia avvenuta nel 1929.

Attualmente il Museo è articolato su due piani. Il Museo ospita una serie di pannelli illustrativi e reperti qui ordinati al fine di restituire le dinamiche storiche del territorio diocesano, le mutazioni geografiche che lo stesso ha conosciuto, le istituzioni ecclesiastiche, gli ordini religiosi maschili e femminili, le opere di carità ed assistenza. Le collezioni permanenti di manufatti artistici della vita della diocesi si accompagna necessariamente all’esposizione temporanea e tematica di manufatti liturgici e chiesastici in genere, al fine di restituire un quadro completo della vicenda religiosa del territorio senza depauperare in maniera stabile il patrimonio di pertinenza delle parrocchie e degli enti.

Il museo ripercorre la storia della locale diocesi, offrendo al visitatore un percorso sulle opere che hanno accompagnato la formazione diocesana tra Golfo, Riviera ed entroterra. Fra tutte le opere, particolarmente degne di nota sono la Triplice incoronazione di San Nicola da Tolentino di Antonio da Carpena, del 1539 e la Vergine con il Bambino proveniente dalla chiesa di Santo Stefano di Marinasco.

La visita del Diocesano inizia con la sala del Carpenino che la domina con la sua Triplice incoronazione o gloria di san Nicola da Tolentino (opera esposta nel Braccio Carlomagno in Vaticano) cui fanno corona reperti lapidei provenienti dalle chiese e gli oratori distrutti per dare un volto nuovo alle città. Di notevole interesse sono le due Madonne di scuola pisana provenienti da Fabiano e Marinasco, le due facce di uno stendardo in tela dipinte da Carlo Braccesco, i due trittici provenienti uno da Chiesanuova: di Nicolò Vespesiano, Santi Giovanni Evangelista, Sebastiano, Rocco, e del da Legnaro: Santi Lucia, Antonio Abate e Biagio. Visibili le due tavole restaurate della donazione del professor Mauro Manfredi. Il 14 giugno 2008 ad arricchire la sala è ritornata la Madonna di Jacopo Spinolotto, il primo pittore spezzino conosciuto, rubata del 1974 alla Pieve di San Venerio. Da non sottovalutare le finissime tele di Carlo Braccesco e la piccola tavola cinqucentesca (da attribuire) con l'Ecce Homo. A sottolineare la grande tavola del Carpenino, il Comune ha prestato la piccola tavola con San Girolamo penitente sempre di Antonio Carpenino.

L'imminente ritorno da Ondelburg (Germania) dei due cofanetti ebunernei di Federico II (scuola siculo-araba) costringono ad una nuova disposizione all'interno delle già pregevoli vetrine.

Tra le opere della sala del tesoro splendono il Calice di oreficeria parigina noto col nome di Enrico VIII (attualmente proprietà della Parrocchia di Sant'Andrea di Levanto), la bella reliquia di San Giovanni Battista - argentiere genovese (proprietà della Parrocchia di San Giovanni Battista di Riomaggiore), l'argenteria pregiata (Torretta GE) delle parrocchie di Cassana, Biassa, Portovenere, Montemarcello, Brugnato e San Maria, La Spezia, ecc.

La sala del Ciborio, prezioso tabernacolo ligneo della Parrocchia di Monterosso, inizia con la storia della costruzione della Cattedrale di Cristo Re a partire dal concorso in due gradi del 1929-31 sino alla realizzazione dell'attuale degli architetti Libera - Galeazzi nel 1974. Vi si trovano preziose tele provenienti dalla Liguria e comunque legate alla storia religiosa della Diocesi, una copia stupenda coeva della pala di San Girolamo della Pinacoteca di Parma, la Sacra conversazione del De Ferrari, la Comunione dei Santi del Bertolotto, una serie ricchissima di paramenti con un paliotto di finissimo ricamo, l'unico ostensorio ligneo che si conosca, tronetti dorati, Ecce Homo ligneo certamente di scuola del Maragliano, cappini delle confraternete...altre opere in arrivo dopo il restauro.

Il Diocesano della Spezia vorrebbe nel tempo presentare sempre opere nuove per far conoscere le inestimabili ricchezze che sono nelle parrocchie o nascoste nelle casseforti.

Nel programma a cura dell'Associazione San Bernardino che gestisce il museo ha preso l'avvio una serie di mini mostre di artisti concittadini con tema fisso l'arte sacra e religiosa contemporanea.