Le Musée national romain - Crypta Balbi occupe trois étages et est situé dans les bâtiments faisant partie du complexe médiéval et de la Renaissance qui s’est élevé sur les structures du théâtre et de la crypte construite par Lucius Cornelius Balbus en 13 av.

Le rez-de-chaussée illustre les transformations effectuées sur le bloc d'immeubles de l'époque romaine à nos jours. Il existe de nombreux matériaux trouvés lors des fouilles et un appareil didactique riche et complet. Les deuxième et troisième étages sont consacrés à l’évolution de la culture urbaine entre le Ve et le Xe siècle et mettent en lumière divers aspects de Rome à la fin de l’antiquité, au moyen âge et au début du Moyen Âge.

Cette dernière période n'est pas très documentée et elle est maintenant éclairée. Les matériaux exposés proviennent des forums, du Palatin, du Porticus Liviae sur le Colle Oppio, de la basilique Hilariana sur le Caelius, du Conservatoire San Pasquale de Trastevere, ainsi que de la Crypta Balbi (en particulier de l'Exedra qui a rendu des milliers de découvertes d'œuvres réalisées dans un atelier du huitième siècle.

D'autres matériaux proviennent des collections historiques du Musée national romain, notamment des collections de l'ancien musée Kircherian et des collections Gorga et Betti. des cartes présentant la topographie de Rome à la fin de l'ère antique et à l'époque médiévale et une carte indiquant les emplacements de la ville où les fouilles archéologiques relatives à cette période sont exposées dans une salle.