La basilique de Sant’Agata Maggiore est située dans le centre-ville, à seulement quelques pas de la basilique de San Francesco. Il s’agit de l’une des plus anciennes églises de la ville, telle qu’elle a été érigée au Ve siècle au cours de l’épiscopat de Pierre II (494-519 ap. J.-C.), dont le monogramme est encore visible dans la nef. L'abside a été construite au siècle suivant pendant l'évêché d'Agnello (556-569 ap. J.-C.) avec la contribution de Julianius Argentarius.
Le sol de l'église d'origine est maintenant à environ 2,50 mètres sous le niveau du sol.

Au fil du temps, l'église a subi plusieurs changements. Dans la cour qui l’entoure (cimetière), il y avait un porche à quatre côtés, remplacé au XVIe siècle par un clocher circulaire. En 1688, les mosaïques de l'abside ont été détruites par un tremblement de terre et le sol a ensuite été surélevé de 2,50 mètres.

Lors des travaux de restauration effectués entre 1913 et 1918 par Giuseppe Gerola, un prothyrum et une fenêtre à meneaux en marbre ont été ajoutés à la façade. L'intérieur est divisé en une nef et deux bas-côtés. La structure est soutenue par des colonnes, dont certaines sont surmontées de chapiteaux corinthiens du 6ème siècle.
Un ancien sanctuaire près de l'autel de Sainte Agathe conserve les cendres de saint Serge Martyr et de l'évêque Agnellus. Ci-dessus, une peinture de Luca Longhi datant de 1546 représente sainte Agathe entre saints Catherine d’Alexandrie et Cécile.