Le musée est situé à l'intérieur du bâtiment central de l'université et donne sur la cour du défunt, l'ancienne cour médicale de l'université.

Inauguré en 1936, il conserve des manuscrits, des textes imprimés, des instruments scientifiques préparés anatomiques et naturalistes qui constituent un témoignage de l'histoire de l'Université depuis ses origines médiévales.

Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle - lorsque, à la suite des réformes voulues par l'impératrice d'Autriche Maria Teresa, l'université de Pavie devint l'un des centres scientifiques les plus avant-gardistes d'Europe - Les noyaux originaux des principales collections, la section de physique, rassemblés autour des instruments de l'ancien laboratoire d'Alessandro Volta, et la section de médecine, héritier des collections anatomiques organisées par Antonio Scarpa dans les locaux du musée.

Dans la section de médecine, divisée en trois salles, sont conservés les instruments et préparations qui font référence à l'activité de l'école d'anatomie d'Antonio Scarpa et au musée d'histoire naturelle de Lazzaro Spallanzani, tous deux arrivés à Pavie à fin du XVIIIe siècle, progresser dans le domaine de la chirurgie et de la clinique aux XIXe et XXe siècles, avec des personnalités telles que Luigi Porta et Carlo Forlanini, et l'activité de l'école scientifique fondée par Camillo Golgi, le premier italien à remporter la victoire - en 1906 - le prix Nobel de médecine grâce au développement d'une méthode histologique qui a jeté les bases de la neuroscience moderne.

Dans la section de physique, le cabinet de physique d'Alessandro Volta a été reconstruit, qui se trouvait à l'origine au premier étage et surplombe le portique légal, dans des salles adjacentes au théâtre physique.

Sous la direction de Volta, à partir de 1778, le Cabinet se dote des derniers instruments d'enseignement et de recherche et devient un lieu admiré par de nombreux visiteurs italiens et étrangers. Une seconde salle abrite les instruments utilisés par les successeurs de Volta au XIXe siècle.

Le Musée conserve également des archives couvrant un arc chronologique du début du XVe au XXe siècle. La documentation, particulièrement intéressante en ce qui concerne l’histoire de la médecine, constitue une importante intégration de ce qui est conservé dans les archives nationales de Pavie (les anciennes archives de l’Université) et dans les archives historiques de l’Université.