El Museo de Historia Natural del Mediterráneo está a poca distancia del Museo Cívico Giovanni Fattori. Se encuentra en la histórica Villa Henderson y se puede llegar a través de la línea CTT Nord (anteriormente ATL), con paradas en Via Roma o Piazza Matteotti.

Los orígenes del museo se remontan a 1929 con la adquisición del rico material presente en el gabinete del Instituto Técnico Vespucci; Después de la segunda guerra mundial, que causó la pérdida de la colección, el museo se reabrió en el Acuario Municipal Diacinto Cestoni y en 1980 se trasladó a la sede de Villa Henderson.

La villa perteneció a Antonio Orlandi en 1762 y luego pasó a Filippi, Guebhard y luego a Webb James. En 1917, después de haber pertenecido a la familia Bracchini, pasó a ser propiedad de George Henderson, cuya familia había pertenecido a la comunidad británica de la ciudad desde finales del siglo XVIII. Después de su muerte en 1934, el edificio, que en ese momento constaba de treinta habitaciones y un gran parque, pasó a la administración provincial de Livorno. El jardín aún conserva parcialmente el típico diseño "inglés", nacido a finales del siglo XVIII. Cabe destacar las variedades de especies de árboles presentes que, con una fuente hexagonal y una pequeña cueva de piedra con tres pequeños arcos, cubiertos de vegetación espontánea, enriquecen el entorno dominado en la entrada por un pino centenario.

El complejo de hoy consta de la villa actual donde se ubican las oficinas administrativas y la nueva sección, desarrollada en tres pisos, que incluye 4 rutas divididas en 3 salas de exposiciones: la Sala dell'Uomo, la Sala de Geopaleontología, la Sala dell'Uomo nel Mediterraneo, la Sala de Anatomía Comparada de los Vertebrados. Un quinto camino, inaugurado en 2009, se refiere al Vuelo en la Naturaleza y ofrece una visión general de las estrategias desarrolladas por organismos vegetales y animales desde los tiempos prehistóricos hasta los tiempos actuales. En el mismo complejo se encuentran el planetario y un auditorio (con más de 100 asientos) equipados con el equipo más moderno para la reproducción de sonido y visual. Dentro del jardín histórico se encuentra el edificio donde se encuentra la biblioteca científico-histórica: con su colección de aproximadamente 5,000 volúmenes y más de 400 revistas, catalogadas y accesibles al público con cita previa, es un excelente centro de documentos y base de datos. Para el área mediterránea.
También en el jardín histórico se encuentra la sala de invertebrados, dedicada a las muchas variedades de seres vivos pertenecientes a la categoría de invertebrados, acuáticos y terrestres, tanto primitivos como más evolucionados: parte de la sala se refiere a especies marinas (como esponjas, moluscos, equinodermos), mientras que un segundo sector involucra artrópodos terrestres (por ejemplo, arácnidos, escarabajos, odonatos y otros).

En la sala del mar, además de los dioramas que reconstruyen los fondos marinos del Mediterráneo, se exhiben una serie de esqueletos de cetáceos marinos, entre los que se encuentra un espécimen de ballena común encontrado en Piombino en 1990. El pabellón, construido específicamente para el La exposición al público del cetáceo y que recuerda su forma en su arquitectura constructiva, ofrece una rica documentación sobre todas las especies de peces, mamíferos, tortugas y aves del mar Mediterráneo.

En 2003 se inauguró el Centro de Educación Ambiental, que consta de una serie de laboratorios equipados con los equipos más modernos: en las instalaciones de este centro multiusos, que representa la sección educativa del museo, el instituto. El museo es capaz de promover, no solo para el territorio provincial sino en un área mucho más amplia, una serie de acciones orientadas al desarrollo de la educación para la educación ambiental: el centro abarca desde la botánica hasta la zoología, desde la química hasta la arqueología. De la genética a la antropología.
El museo está equipado con el Laboratorio de Conservación de Germoplasma, ampliado en 2009 en la estructura existente, en el cual un banco de semillas de las principales especies mediterráneas se almacena y almacena de manera computarizada. La actividad que se lleva a cabo en este sector tiene como objetivo principal proteger a las especies en peligro de extinción y tiene canales activos de intercambio con otros bancos europeos de germoplasma.

También hay un jardín botánico que es la proyección externa de las salas del museo. Re-propone la flora de la cuenca mediterránea, con especial referencia a la provincia de Livorno y su archipiélago.