È la prima e maggiore istituzione museale pistoiese. Raccoglie le più significative testimonianze provenienti dalle chiese e dai conventi soppressi della città, da acquisti e da donazioni. La visita offre l'occasione di un percorso attraverso sette secoli di storia artistica di Pistoia, dal XIII al XIX secolo. La disposizione è cronologica e per raggruppamenti di scuole (fiorentina, pistoiese). Fa eccezione la collezione Puccini (all'ultimo piano), la cui presentazione separata dal resto riflette l'appartenenza ad un nucleo originario unitario, pervenuto al Museo nel 1914. 

Le prestigiose opere esposte, soprattutto di pittura fiorentina e pistoiese, documentano le vicende culturali della città nel suo alterno rapporto di dipendenza politica e di autonomia da Firenze, eventi che dettero luogo nel tempo ad originali formulazioni stilistiche dell'arte locale. 

La scuola trecentesca, con un consistente nucleo di fondi oro, e la corrente pittorica della prima metà del Cinquecento, con una nutrita serie di pale d'altare con il tema della Sacra Conversazione, costituiscono i principali motivi di interesse del Museo. Sono rappresentate anche la pittura dei Sei e Settecento fiorentino e quella ottocentesca di soggetto storico e di gusto romantico, ispirata alle ideologie libertali del committente Niccolò Puccini.



CENTRO DI DOCUMENTAZIONE “MICHELUCCI” - Raccoglie un folto numero di disegni, plastici e lucidi che testimoniano il lavoro e la ricerca del grande architetto Giovanni Michelucci dagli inizi della sua attività ai progetti degli ultimi anni. L'attività di Giovanni Michelucci è contraddistinta da opere importanti quali ad esempio la chiesa di San Giovanni Battista dell'Autostrada, la chiesa di Longarone, la Cassa di Risparmio di Firenze, la sede del Monte dei Paschi a Colle Val d'Elsa, spazi che testimoniano simbolicamente i valori dell'umanità. Giovanni Michelucci ha realizzato a Pistoia opere importanti quali la Borsa Merci (1949-50), la chiesa di Collina a Pontelungo (1953-54), la chiesa della Vergine (1954-56), la chiesa del Villaggio Belvedere (1959-62) l'Osteria del Gambero Rosso a Collodi (1961-63) la scuola media del Bastione Thyrion (1966-75), la casa Reali-Cangioli (1965-69), villa Iozzelli (1971-74). Tutte queste opere sono state ordinate e fotografate e il Centro, al fine di fornire ogni possibile contributo ad iniziative di studio e di ricerca, è stato arricchito di una bibliografia afferente a Michelucci con tutto ciò che è stato scritto da lui o su di lui.