La collezione libraria degli Estensi è nata con la famiglia principesca e ne ha sempre seguito le vicende. Costituita da un numero ragguardevole di miniature e di opere di interesse letterario, storico ed artistico fin dall'epoca del marchese Niccolò III, è stata poi impreziosita dai fasti rinascimentali di Leonello, Borso, Ercole e Alfonso, che l'hanno accresciuta di importantissimi manoscritti e di pregevoli edizioni a stampa.

Nei secoli successivi ricoprirono il prestigioso incarico di bibliotecari due grandi eruditi Ludovico Antonio Muratori e Girolamo Tiraboschi, i quali acquisirono le più importanti pubblicazioni a stampa e i più preziosi manoscritti che comparivano sul mercato europeo.

Nel 1764 Francesco III rese pubblica la biblioteca. Dopo l'unificazione nazionale venne accorpata alla Biblioteca Universitaria e si venne così a costituire quella che oggi è la Biblioteca Estense Universitaria.

Tra i materiali più preziosi custoditi all'interno della Biblioteca i Monumenta della miniatura estense, la Bibbia di Borso, la Genealogia dei Principi d'Este, il Messale di Borso, il Breviario di Ercole, la raccolta Obizzi di Catajo, i carteggi del Muratori e del Tiraboschi.