L'edificio si trova in una piazzetta pittoresca che sorge sopraelevata rispetto al setto stradale, in pieno centro di Bologna, accanto alla quale sono situati degli ex spazi conventuali adibiti a carcere per circa duecento anni e che oggi sono sede del Dipartimento di Storia dell'Università di Bologna.

La storia della Chiesa di San Giovanni in Monte si ricollega alla simbologia dei luoghi santi di Gerusalemme, riprodotti nel vicino complesso ecclesiale di Santo Stefano.
La primitiva chiesa rotonda del V secolo, divenuta nel 1118 sede di una comunità di Canonici Regolari Lateranensi, venne ristrutturata nel '200 e riedificata in forme gotiche attorno alla metà del sec. XV.
L'elegante facciata è ispirata ai temi dell'arte veneto-ferrarese (1474) ed è dominata sul portale da una vigorosa Aquila, emblema dell'evangelista Giovanni, plasmata da Nicolò dell'Arca (c. 1481). Di grande fascino l'interno a tre navate e notevoli le vetrate figurate della facciata (sec. XV), le preziose pale d'altare dei secoli XIV - XVIII, il coro intarsiato cinquecentesco e, al centro della chiesa, la singolare colonna di età classica con capitello capovolto, sormontata da una croce romanica, unico avanzo dell'antico sacello petroniano (il Cristo in legno è del secolo XVI).
Vi erano custoditi dipinti di Ercole de' Roberti, del Domenichino, di Cima da Conegliano, del Perugino, oltre alla copia della celebre Estasi di Santa Cecilia di Raffaello il cui originale è oggi esposto nella Pinacoteca Nazionale di Bologna.