Pinacoteca befindet sich unweit von Le Due Torri (zwei Türme, Symbole von Bologna) im ehemaligen Noviziato Gesuita di Sant'Ignazio, einem Ort, der in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts erbaut wurde, um junge Leute willkommen zu heißen Teil der Gesellschaft Jesu.
Neben der Pinacoteca beherbergt das Gebäude auch die Accademia delle Belle Arti und die Sopraintendenza von Patrimonio Storico Artistico ed Etnoantropologico. Hier finden Ausstellungen und Schutz-, Konservierungs- oder Forschungsaktivitäten im Zusammenhang mit dem historischen und kulturellen Erbe statt.
1762 spendete Monsignore Francesco Zambeccari einige seiner Gemälde aus dem 16. Jahrhundert der Accademia Clementina, die von der renommierten Accademia dei Desiderosi stammt, die 1582 von der Familie Carracci geschaffen wurde.
Ab 1803 wird die Accademia Clementina durch die Accademia di Belle Arti ersetzt. Sie wird zu einer Quadreria und erwirbt ihr künstlerisches Erbe, das später durch andere Spenden bereichert wird.
Nach der Unterdrückung der Institution durch die napoleonischen Truppen wurden die wichtigsten Kunstwerke nach Paris und Mailand geschickt (im Musée Napoleon bzw. in der zukünftigen Accademia di Brera), wo sie bis zum Sturz der Roma aufbewahrt wurden Französisches Reich, als sie zu ihrem frühen Ort, der Quadreria, die später als Pinacoteca bekannt wurde, zurücktransportiert wurden.
Auf diese Weise wurde die heutige Basis der Sammlung geschaffen. Der erste Katalog mit 274 Gemälden stammt aus dem Jahr 1827.
Dank der weiteren Bereicherung erwarb die Bologna-Pinacoteca, die bereits für ihr religiöses Erbe angesehen wurde, zahlreiche Kunstwerke Laien und Aristokraten, die ihren künstlerischen Weg zwischen dem 14. und 19. Jahrhundert vollenden und somit eine der bedeutendsten Kunstsammlungen Europas sind.
Die Pinacoteca di Bologna gilt heute als eine der modernsten und bedeutendsten Nationalgalerien. Sie wurde 1885 nach der Spaltung der Akademie eröffnet.
Die Ausstellung basiert auf verschiedenen Abschnitten, die nach den verschiedenen Schulen unterteilt sind. Die Route umfasst Kunstwerke aus dem 14. und 15. Jahrhundert (Vitale da Bologna usw.), die Renaissance (Raffaello, Perugino, Tintoretto usw.), den Manierismus (Giorgio Vasari, Bartolomeo Cesi usw.), einschließlich der großformatigen Gemälde aus dem 16. Jahrhundert.
Pinacoteca wurde 1997 komplett renoviert und beherbergt derzeit neben 30 Ausstellungsräumen den Sale della Belle Arti und sehr moderne Räume im Untergeschoss, dank denen das Gebäude mittlere und große Wechselausstellungen beherbergen kann, didaktisch Aktivitäten, Seminare und Konferenzen.