Базилика св. Джованни и Паоло стоит над комплексом, состоящим из нескольких римских домов разных периодов. Согласно традиции, это было жилище Иоанна и Павла, оба из которых, потерпев мученическую смерть в результате казни, были похоронены на месте своего дома (362 г. н.э.). В третьем веке нашей эры эти различные свойства были объединены под одним владельцем и превращены в элегантный языческий дом, характеризующийся изысканно украшенными комнатами.

В начале четвертого века нашей эры дом стал местом встречи христианской общины этого района, а в конце того же века он стал убежищем, и сюда пришли верующие и почитали гробницы мученики. Некоторые части здания были переделаны под нужды культа, и была создана новая комната: в ней было маленькое окно (fenestrella confessionis), и отсюда верующие могли видеть могилы мучеников.

Стены этой комнаты были украшены циклом фресок, датируемых серединой четвертого века. В четвертом веке была построена церковь: верхние этажи дома были разрушены, а первый этаж заполнен, что позволило сохранить помещения.