Ботанический сад Модены был основан в 1758 году герцогом Франческо III д'Эсте, который выделил часть сада для выставки лекарственных растений.

В 1765 году была открыта «Общественная кафедра ботаники при помощи медицинского факультета и ароматических трав». За этим последовала процедура создания «обогревателя», который позволял добавлять экзотические растения наряду с ранее выращиваемыми.

В 1772 году, с Великими университетскими реформами, изданными Франческо III, Ботанический сад перешел под университет.

В том же году, по проекту архитектора Джузеппе Марии Соли, были разбиты участки для выращивания лекарственных растений, а большой резервуар, расположенный на юге, был выкопан для использования для орошения и для размещения водных объектов. Флора.

С 1775 года, когда в университете начались реформы, секция ботаники стала профессором Роберто Франческо Де Лаугье, которого вызвали из Вены, чтобы возглавить секцию.

Он дал определенно научную ориентацию Садам, расположив растения в соответствии с классификацией Турнефорта и представив различные виды из тропических стран.

Ветер революции, вызванный, когда французские войска заняли Модену 6 октября 1796 года, значительно подорвал университет.

На самом деле университет сменил название на Лицей, и Сады почувствовали последствия даже на организационном уровне.

Приобретение многочисленных ботанических коллекций, в том числе богатого сада графа Каттанео в Новаре, датируется этим временем.

Около 1820 года была добавлена ​​программа обмена со 126 ботаническими садами по всему миру. В этот период Сады были обогащены, в частности, гербарием, созданным де Бриньоли.

Большой интерес вызвало пожертвование профессора Джибелли, завещавшего его библиотеке и коллекцию сосудистых криптограмм в Сады.

В 1920-х годах был приобретен лишайниковый гербарий доктора Баглиетто, который, наряду с несколькими другими, уже находящимися в собственности, делает лишайниковый гербарий одним из важнейших исторических итальянских гербариев.

Позже была приобретена важная частная коллекция Гербария Дженерал Ваккари и Эмилио Чиовенда, дополнившая ботанические активы образцами из Эритреи и Сомали.