Церковь была построена между 1236 и 1254 годами францисканской общиной. Члены общины прибыли в Болонью в 1218 году, когда сюда переехал Бернардо ди Квинтавалле, один из первых учеников Сан-Франческо. Сан Франческо присоединился к своим ученикам в Болонье несколько лет спустя.

В настоящее время церковь представляет собой разновидность различных стилей, включая романский, готический и ранний ренессанс.

Высокий готическо-романский фасад, две колокольни (самая большая из которых была построена в начале 15-го века, а другая - в 1260 году), а также арки в часовнях особенно важны. Рядом с часовнями находятся два здания XII века, где были похоронены Аккурсио, Одофредо и Роландино де Романци.

Внутри церкви, окруженной строгой и внушительной структурой, выделяется чудесный мраморный алтарь: он был вылеплен между 1388 и 1393 годами венецианцами Якобелло и Пьером Паоло Даль Масен. Кроме того, есть несколько примечательных могильных памятников, таких как могила папы Александра V, спроектированная Сперандио (1482), романская часовня Муццарелли и воздушные монастыри (14 и 15 века) близлежащего монастыря.