Stworzony na zamówienie Cosimo I de ’Medici na inicja tywie wielkiego botanika Luca Ghiniego, Giardino dei Semplici (Ogród Simples) jest najstarszym ogrodem botanicznym na świecie i pierwszym połączonym z uniwersytetem. Ogrody Pizańskie były w przeszłości przenoszone kilka razy. Początkowo, podczas prefektury Luca Ghini, Ogród był starożytną stocznią (arsenał) (1543-1545); po tym podczas prefektury Andrea Cesalpino. (1563-1595) teren ten był wymagany przez Zakon Rycerzy św. Szczepana, a ogrody przeniesiono na działkę w pobliżu kościoła św. Marty, gdzie nazwa ulicy (via del Giardino) wciąż przypomina jej obecność.

Tutaj odosobniona pozycja, oddalona od budynku uniwersyteckiego (Sapienza) i zacienionego obszaru, nie spotkała się z aprobatą naukowców, więc podczas prefektury Giuseppe Casabony Ferdinand przeniosłem ogrody na ' trzeci ogród ”, jego ostateczne miejsce w via S. Maria (1590 r.).

Ogród, miejsce medytacji i badań, posiadał autentyczne wegetariańskie „mirabilie”, a także posadzone i wysuszone okazy dla naukowców do badania. Klasyfikacji i katalogowaniu odmian roślin, typowemu zadaniu w ogrodzie Pisan, towarzyszyły od najwcześniejszych czasów wierne rysunki i ryciny „z życia”, umieszczane w tomach i rękopisach, które były rozpowszechniane, co stymulowało użyteczne wymiany między naukowcami i przyczyniało się do afirmacji Botaniki jako nowoczesnej nauki.

Muzeum Botaniczne znajduje się w Ogrodach. W pierwszej połowie XVIII wieku fasada tego budynku została odnowiona i ozdobiona kapryśnym wzorem muszli i koralowców.

W ogrodach trwają badania naukowe z dodatkami do kolekcji roślin w celu nauczania, nauki i rozpowszechniania wiedzy.