Pomieszczenia muzealne zostały zbudowane po raz pierwszy, aby pomieścić kanoników w IX wieku. Klasztor został ukończony w połowie 1200 r., Chociaż nie było lekarstwa. Z czasem budynek pełnił kilka funkcji, aż w końcu, po przejściu drastycznych zmian, stał się klasztorem. Renowacja pod koniec XX wieku odkryła na nowo najstarsze części.

Kolekcja muzealna jest szczególnie dobrze zaopatrzona w przykłady kwitnącej tradycji rzeźby w Pizie między XI a XIV wiekiem, nie wspominając o przykładach powszechnego ponownego wykorzystywania rzymskich rzeźb w budynkach na Miejsce katedralne. Obiekty te znajdują się obecnie w muzeum i można je podziwiać obok romańskich i gotyckich dzieł artystów, którzy pracowali nad budowaniem pomników.

Rzeźby Baptysterium i fasady katedry zawdzięczamy Nicoli Pisano i jego warsztatowi, w szczególności Giovanni Pisano; te na budynkach są teraz kopiami. Niektóre posągi, w tym słynna grupa z cortège cesarza Arrigo VII (poświadczająca burzliwą scenę polityczną Pizy w XIII wieku), są autorstwa Sieneńskiego rzeźbiarza Tino di Camaino, który podążał za Giovannim jako dyrektorem prac.

Warto również zwrócić uwagę na monumentalny drewniany krzyż z XIII wieku z Francji. Był częścią depozycji i jest rzadkim przykładem dla Włoch. Inne zbiory w muzeum to dwunastowieczne i czternastowieczne iluminowane rękopisy i artefakty ze skarbu katedry, wśród których znajdują się relikwiarz w emalii z kości słoniowej i Limoges, szaty święte, cenna draperia i słynny posąg wyrzeźbiony w kości słoniowej autorstwa Giovanniego Pisano.