W fazie przygotowawczej Roku Paulinów obchodzonego w latach 2008–2009, podczas prac wykopaliskowych w celu realizacji niektórych usług związanych z przyjęciem pielgrzymów, w południowo-zachodnim rejonie, w pobliżu ogrodu Abbey, dotarli do zapal serię znalezisk archeologicznych z okresu średniowiecza. Ukończony nowoczesny budynek został ukończony, ale w piwnicy utworzono „strefę ochronną” pojedynczych odpoczywań, o której wspomniano tylko w tabliczce zachowanej w pobliżu opactwa i pochodzącej z czasów papieża Gregorio Magno (590– 604).

W nim nawiązuje do kobiecej wspólnoty klasztoru z oratorium poświęconym Santo Stefano. Powstały pozostałości portyku, kolumn, studni i dzwonnicy. Bardziej szczegółowe badania archeologiczne przeprowadziły Muzea Watykańskie i Papieski Instytut Archeologii Chrześcijańskiej, które dzięki finansowemu wsparciu Patronów Sztuki w Muzeach Watykańskich przeprowadziły projekt renowacji i instalacji muzealnej otwarty dla publiczności, przygotowując podróż wizyta w obszarze wykopalisk. W projekcie uczestniczyła również Szkoła Specjalizacji w Dziedzinie Dziedzictwa Architektonicznego i Krajobrazu Uniwersytetu „Sapienza” w Rzymie.