Pod koniec V wieku, kiedy Teoderyk utrwalił już swoje panowanie, a arianizm stał się oficjalną religią dworu, na małym placu kościoła Ducha Świętego, dawnej katedry ariańskiej, zbudowano baptysterium ariańskie.

Budynek o ośmiokątnym kształcie z czterema małymi zewnętrznymi absydami zatonął około 2,3 metra w głąb ziemi. Nic nie pozostało z różnych sztukaterii i dekoracji, które z pewnością pokrywały wewnętrzne ściany. Kopuła jest natomiast ozdobiona mozaikami przedstawiającymi procesję dwunastu apostołów i chrzest Chrystusa, którego nagie i młode ciało zanurzone jest w wodzie na biodrach.

Chociaż przedstawia tę samą strukturę ikonograficzną swojego modelu, Baptysterium Neonowe, mozaiki baptysterium ariańskiego są dowodem przekonań religijnych na dworze Teodoryka, opartym na Chrystusie, zarówno jako postaci ziemskiej, jak i boskiej.

Podczas pobytu w prawosławnej baptysterium 12 apostołów przywodzi na myśl wizerunek Chrystusa na centralnym medalionie jako syn Boży, w baptysterium ariańskim składają hołd wielkiemu tronowi ozdobionemu klejnotami i zwieńczonemu krzyżem z ramion z których wisi purpurowe płótno, symbol cielesności Jezusa i ludzkiego cierpienia.