Założona w 1923 r. Z okazji 400. rocznicy śmierci Pietro Perugino, została ponownie otwarta w 2000 r. Z nowym układem, który wije się przez 25 pokoi na dwóch piętrach, przez sugestywne pozostałości Palazzo di Martino IV, Palazzo dei Consoli i Palazzo del Capitolo dei Canonici. W podziemnym sklepieniu znajduje się kamienna tablica związana z układem urbanistycznym Perugii w czasach etruskich-rzymskich.

Wyświetlanie dzieł sztuki i dekoracji religijnych z kościołów w całej diecezji i katedrze, a także darowizn, zachowuje liczne obrazy i rzeźby od XIV do XIX wieku, w tym dzieła z warsztatów Arnolfo di Cambio i Agnolo Daddi, a inni przez Meo da Siena, Giannicola di Paolo i Bartolomeo Caporali. Wczesny manieryzm i XVII wiek reprezentują dzieła Danti, Scaramucci i Batini. Na szczególną uwagę zasługuje Altarpiece of Sant'Onofrio Luca Signorelli (1484), przedstawiająca Madonnę z Dzieciątkiem, anioła grającego na instrumencie, a po bokach Jana Chrzciciela i świętych Onofrio i Lorenzo wraz z partią zlecającą.