Muzeum mieści się w centralnym budynku uniwersyteckim, z widokiem na dziedziniec poległych, starożytny dziedziniec medyczny Uniwersytetu.

Zainaugurowany w 1936 roku, zachowuje rękopisy, teksty drukowane, przygotowane anatomicznie i naturalistycznie instrumenty naukowe, które stanowią świadectwo historii Uniwersytetu od jego średniowiecza.

W drugiej połowie XVIII wieku - kiedy reformy, których domagała się cesarzowa Austrii Maria Teresa, Uniwersytet w Pawii stał się jednym z najbardziej awangardowych ośrodków naukowych w Europie - sięgającym do oryginalne jądra głównych kolekcji, sekcja fizyki, zgromadzona wokół instrumentów starożytnego laboratorium Alessandro Volty, oraz sekcja lekarska, spadkobierca zbiorów anatomicznych, które Antonio Scarpa zorganizował w pomieszczeniach, w których obecnie mieści się Muzeum.

W dziale medycyny, podzielonym na trzy pokoje, przechowywane są instrumenty i preparaty dotyczące działalności szkoły anatomicznej Antonio Scarpa i muzeum historii naturalnej Lazzaro Spallanzaniego. pod koniec XVIII wieku, aby rozwijać się w dziedzinie chirurgii i kliniki w XIX i XX wieku, z postaciami takimi jak Luigi Porta i Carlo Forlanini oraz działalność szkoły naukowej założonej przez Camillo Golgiego, pierwszego Włocha, który wygrał - w 1906 roku - Nagroda Nobla w dziedzinie medycyny dzięki opracowaniu metody histologicznej, która położyła podwaliny pod nowoczesną neurobiologię.

W dziale fizyki zrekonstruowano Gabinet Fizyki Alessandro Volty, który pierwotnie znajdował się na pierwszym piętrze, z widokiem na legalny portyk, w pokojach sąsiadujących z teatrem fizycznym.

Pod kierownictwem Volty, począwszy od 1778 r., gabinet został wyposażony w najnowsze instrumenty do nauczania i badań i stał się miejscem podziwianym przez licznych gości z Włoch i zagranicy. Drugi pokój mieści instrumenty używane przez następców Volty w XIX wieku.

Muzeum zachowało także archiwum obejmujące chronologiczny łuk od początku XV do XX wieku. Dokumentacja, która jest szczególnie interesująca z punktu widzenia historii medycyny, stanowi ważną integrację tego, co zachowało się w Archiwum Państwowym w Pawii (starożytne archiwum Uniwersytetu) iw Archiwum Historycznym Uniwersytetu.