Założone w XVIII wieku jako kolekcje uniwersyteckie paleontologii i mineralogii, z którymi łączy się pochodzenie, Muzeum Zoologii i Anatomii Porównawczej ma na celu zachowanie fauny o szczególnym znaczeniu dla lokalnego terytorium.

Po spuściznach obywateli Modenese i zakupach, które miały miejsce kilka razy w latach 1830–1845, dziedzictwo muzealne szybko rosło, zwłaszcza w sektorze ornitologicznym, również dzięki częstym darowiznom księcia Francesco IV zarówno egzotycznych okazów hodowanych na dworze, jak i martwych w niewoli oraz miejscowej fauny.

Niedawno zbiory zoologiczne odnotowały nowy wzrost dzięki materiałom ofiarowanym przez instytucje prywatne lub publiczne lub pochodzącym z konfiskat dokonywanych przez taksydermistów lub skonfiskowanych przez myśliwych lub w wyniku zbiorów badawczych. Założona na Uniwersyteckim Wydziale Biologii Zwierząt, ma obecnie około 3000-3500 naturalizowanych kręgowców (ptaki, ssaki, ryby, gady), z których około 100 należy do „fauny kręgowców obszaru Modeny”, zamontowanej w postaci małych dioram ; około 1000 okazów kręgowców (zwłaszcza ryb i gadów) zakonserwowanych w płynach; około 250 szkieletów i części anatomicznych kręgowców; kilkaset bezkręgowców zakonserwowanych alkoholem lub formaliną.

Dziedzictwo obejmuje również ważną kolekcję malakologiczną składającą się z kilku tysięcy skrzynek, każda z jednym lub więcej okazami; sto pudełek entomologicznych z nieznaną liczbą okazów; tuzin gablot zawierających bogatą kolekcję pasożytniczych i trujących zwierząt (kolekcja Franchini).