Założona po prehistorycznych wykopaliskach przeprowadzonych w drugiej połowie ubiegłego wieku w ramach wyraźnie ewolucyjnej perspektywy, która dobrze dostosowała się do idei postępu podtrzymywanego przez pozytywistyczną ideologię tamtych czasów, została zainaugurowana w 1871 roku dzięki oświeconym praca pierwszego dyrektora Carlo Boni.

Zbiory archeologiczne, ułożone chronologicznie i topograficznie, składają się z dzieł od zaawansowanego momentu w gorszym okresie paleolitu do średniowiecza.

Szczególnie znaczące są prehistoryczne odkrycia, przede wszystkim neolityczne z Fiorano i Peskali (5-4 tysiąclecie pne), pochodzące z wykopalisk F. Malavoltiego i tych z terramare mieszkańców epoki brązu - które stanowią podstawowe jądro muzeum - z licznymi przedmiotami ceramicznymi, brązowymi i rogowymi.

Sekcja etnologiczna, utworzona między 1875 r. a wczesnymi dziesięcioleciami XX wieku, składa się z odkryć różnych obszarów geograficznych, które w wielu przypadkach świadczą o wymarłych lub wymarłych kulturach. Obecna aranżacja zbiorów respektuje pierwotny podział XIX-wiecznych obszarów geograficznych: Nowa Gwinea, Ameryka Południowa, region prekolumbijski, Afryka i Azja.