Istituito nel 1781 a completamento della Cattedra di Botanica della Reale Accademia; rappresenta una realizzazione di eccezionale interesse, a livello europeo, sia per il valore storico, che per il rilievo scientifico e didattico. 

L’Orto Botanico annovera, approssimativamente, una decina di migliaia di specie, alcune anche rare, appartenenti a circa 250 famiglie. Sul fronte lungo la strada furono costruiti gli edifici per gli studi e la conservazione delle piante e delle sementi, ovvero: il Gimnasium, la Biblioteca e gli Erbari. Il progetto degli edifici fu affidato all’architetto francese Leon Dufourny, il quale, influenzato dagli scavi archeologici visitati in Sicilia e dalle tendenze stilistiche neoclassiche, introdusse lo stile neogrecista, concependo unitari edifici ispirati all’architettura greca. 

L’edificio fu decorato nel 1795 da Giuseppe Velasco. Gli edifici del Calidarium e del Tepidarium furono eseguiti tra il 1790 e il 1797 da Giuseppe Venanzio Marvuglia, mentre il magazzino e l’abitazione del custode furono progettati da Carlo Giackery nel 1838. Inoltre, all’interno dell’Orto Botanico, si possono ammirare: l’Aquarium, composto da tre bacini circolari concentrici con al centro uno scoglio con delfino e anatre in marmo; il boschetto esotico con la vasca di papiri; il boschetto di bambù; la Serra Maria Carolina, giardino d’inverno in ghisa e vetro a pianta rettangolare con vasca(di Paride) realizzata nel 1859 da Carlo Giackery, dove sono raccolte piante esotiche.