Il monastero di San Pietro risale alla fine del X secolo, come fondazione vescovile; divenne indipendente nel 1148. Dopo un periodo di crisi fu aggregato nel 1434 alla Congregazione di Santa Giustina, poi Cassinese. Fu illustrato da monaci che rifulsero negli studi (B.Bacchini) o che ebbero alti incarichi, due dei quali divennero Cardinali. 
Soppresso al tempo della rivoluzione francese (1796), fu riaperto dal Duca di Modena, nuovamente chiuso dai Savoia (1866): in entrambi i casi un monaco rimase come parroco. A parte una breve interruzione (1926-1938) i benedettini sono sempre stati presenti in questa abbazia.

L'attuale chiesa abbaziale risale alla fine del XV secolo e fu consacrata nel 1518; alla stessa epoca risale anche lo stupendo chiostro rinascimentale. La facciata della chiesa è opera di P. Barabani, ornata da terracotte dei fratelli Bisogni; curioso anche il campanile a vela All'interno varie terracotte di A. Begarelli, e quadri di F. Bianchi Ferrari, E. dell'Abate, J. Cavedone, G. delle Catene, J. van Ghelde, G.B. Ingoni, L. Lana, P. Munari, G. Romanino, C. Ricci, E. Setti, G. Taraschi, F. da Verona, ecc. Il prezioso coro ligneo è di G. F. Testi. Oltre ai bellissimi paliotti in scagliola di tutti gli altari si segnala il grandioso organo cinquecentesco di G.B. Facchetti. In sagrestia affreschi di G. da Vignola, e preziosi arredi lignei intarsiati da G. Brennona.

Pare che fin dal X secolo il monastero benedettino modenese risulti dotato di una spezieria a servizio, almeno, della infermeria interna; ma è in occasione della ricostruzione cinquecentesca del complesso abbaziale che la spezieria fu collocata a ridosso dell’accesso principale. Da questa epoca e soprattutto nei secoli successivi, e cioè fino alla riforma sanitaria della seconda metà del XVIII secolo, la spezieria benedettina si colloca per importanza al centro dei servizi medico-farmaceutici della città e dell’intero ducato. 

Fra i prodotti offerti erano celebri varie lavorazione di spezie e dei fiori coltivati nel cortile ad esso annesso. Ma anche per i“pastelli per profumi” a base di incenso e ginepro, mirra e garofano; ma soprattutto la “Teriaca”, di cui il monastero aveva l’esclusiva ducale sia della fabbricazione che della vendita. La “Teriaca”, fatta con carne macerata di vipera femmina dei Colli Euganei, non gravida e catturata qualche settimana dopo il letargo invernale, privata della testa e delle viscera, bollita in acqua salata, aromatizzata, triturata e impastata con pane secco e mescolata con oppio e lavorata infine in forme tondeggianti delle dimensioni di una noce e posta ad essiccare, era ritenuta il rimedio per un’infinità di malattie.


Chiusa nel 1796, la Spezieria è stata riaperta nel 2007 e vende prodotti di altri monasteri benedettini italiani ed europei.