À la fin du Ve siècle, alors que Theoderic avait déjà consolidé son empire et que l'arianisme était devenu la religion officielle de la Cour, le baptistère arien fut construit sur la petite place de l'église du Saint-Esprit, l'ancienne cathédrale arienne.

Le bâtiment, de forme octogonale et doté de quatre petites absides externes, a sombré à une profondeur d'environ 2,3 mètres. Il ne reste plus rien des divers stucs et décorations qui recouvraient certainement les murs intérieurs. Au lieu de cela, la coupole est ornée de mosaïques illustrant la procession des douze apôtres et le baptême du Christ, dont le corps nu et jeune est immergé dans l'eau jusqu'aux hanches.

Bien qu'il présente la même structure iconographique de son modèle, le Baptistère du Néon, les mosaïques du baptistère arien témoignent des croyances religieuses de la cour de Théodérique, fondées sur le Christ en tant que figure terrestre et divine.

Alors que dans le baptistère orthodoxe les 12 apôtres saluent l'image du Christ sur le médaillon central en tant que fils de Dieu, dans le baptistère arien, ils rendent hommage à un grand trône orné de pierres précieuses et surmonté d'une croix de laquelle pend un drap violet, symbole de la corporéité de Jésus et de la souffrance humaine.