Creado por orden de Cosimo I de ’Medici en la iniciativa del gran botánico Luca Ghini, el Giardino dei Semplici (Jardín de Simples) es el jardín botánico más antiguo del mundo y el primero en conectarse a una universidad. Los jardines pisanos fueron transferidos varias veces en el pasado. Al principio, durante la prefectura de Luca Ghini, el Jardín se encontraba en el antiguo astillero (arsenal) (1543-1545); A continuación, durante la prefectura de Andrea Cesalpino. (1563-1595) esta área fue requerida por la Orden de los Caballeros de San Esteban y los jardines se transfirieron a una parcela cerca de la iglesia de Santa Marta, donde el nombre de la calle (vía del Giardino) aún recuerda su presencia.

Aquí, la posición aislada, alejada del edificio de la Universidad (Sapienza) y del área sombreada, no se reunió con la aprobación de los científicos, por lo que durante la Prefectura de Giuseppe Casabona, Ferdinand trasladé los jardines a una Tercer jardín ', su sitio definitivo en via S. Maria (1590 ca.).

El jardín, un lugar para la meditación y la investigación, poseía algunos auténticos "mirabilia" vegetales, así como especímenes plantados y secos para que los científicos los estudiaran. La clasificación y catalogación de variedades de plantas, una tarea típica en el jardín pisano, se acompañaron desde los primeros tiempos con dibujos y grabados fieles "de la vida", se insertaron en volúmenes y manuscritos que circularon, estimulando así los intercambios útiles entre científicos y contribuyendo a la afirmación. La botánica como ciencia moderna.

El Museo Botánico está situado en los jardines. En la primera mitad del siglo XVIII, la fachada de este edificio fue renovada y decorada con un diseño caprichoso de conchas y corales.

La investigación científica continúa en los jardines, con adiciones a la colección de plantas con fines de enseñanza, ciencia y difusión del conocimiento.