Establecido en 1923 para conmemorar el 400 aniversario de la muerte de Pietro Perugino, se reabrió en 2000 con un nuevo diseño que serpentea a través de 25 habitaciones en dos pisos, a través de los sugerentes restos del Palazzo di Martino IV, Palazzo dei Consoli y Palazzo del capitolo dei canonici. En la bóveda subterránea hay una tablilla de piedra relacionada con el trazado urbano de Perugia en la época etrusca-romana.

Mostrando obras de arte y decoraciones religiosas de iglesias de toda la diócesis y de la catedral, así como donaciones, conserva numerosas pinturas y esculturas desde el siglo XIV hasta el XIX, incluyendo obras de los talleres de Arnolfo. di Cambio y Agnolo Daddi, y otros por Meo da Siena, Giannicola di Paolo y Bartolomeo Caporali. Los gestos tempranos y el siglo XVII están representados por la obra de Danti, Scaramuccia y Batini. Destaca especialmente el Retablo de Sant'Onofrio de Luca Signorelli (1484), que representa a la Virgen y el Niño entronizados, un ángel tocando un instrumento y, a los lados, Juan el Bautista y los santos Onofrio y Lorenzo junto con la parte de la comisión.