El Museo de Mineralogía forma parte, junto con la sección de geología y paleontología, del Museo del Departamento de Ciencias de la Tierra de la Universidad de Pavía, donde se conservan unas 10 mil muestras de minerales, rocas y fósiles. También es parte del recientemente establecido Sistema de Museos Universitarios. La organización actual está dividida en una parte de sistemática y una parte regional y de "grandes campeones".

El primero se organiza siguiendo el orden sistemático de Strunz, sin tener en cuenta el lugar de origen. La colección regional incluye minerales típicos de cada región italiana, mientras que los "grandes campeones" están formados por grandes piezas de los lugares más diversos.

Existen alrededor de 8.000 minerales conservados. Entre las colecciones más pequeñas se encuentran las de Val Devero, de joyas pulidas de Europa del Este y didácticas para estudiantes. También hay una pequeña colección de meteoritos: dos tienen un valor histórico particular, ya que cayeron alrededor de Siena hacia fines del siglo XVIII y fueron recolectados por Lazzaro Spallanzani.