Die 1230 gegründete Kirche hieß früher S. Maria del Ponte novo (St. Marien an der Neuen Brücke) und war ein Oratorium für Votiviten. Früher befand es sich am Fuße der Brücke, die über St. Antonio mit Via S. Maria verbunden war. Sie erhielt den Namen, den sie noch heute trägt, im Jahr 1333, als ein Dorn aus der Dornenkrone Christi dem Oratorium gespendet wurde.

Im Laufe des 13. Jahrhunderts erlebte die Kirche viele architektonische und dekorative Veränderungen. Es ist weit verbreitet, dass der Regisseur der Werke Lupo di Francesco war, ein Künstler, der in der Werkstatt von Giovanni Pisano studiert und gearbeitet hatte. Die dekorativen Motive von Giebeln und Zinnen nahm er von den Domfassaden in Siena und Orvieto mit und mischte sie mit den für Grabdenkmäler typischen Motiven.

Die starken Verbindungen zu Giovanni Pisanos Stil zeigen sich deutlich in den Skulpturen, besonders in der Reihe der Apostel. Die Höhe der Kirchenfront wird um drei Türme erweitert, und die Fassade wird durch einen zentralen Pilaster geteilt, der von einer Aedikula mit Madonna und Kind zwischen zwei Engeln überragt wird. Oben auf den beiden Giebeln befinden sich Statuen der Verkündigung und des Erlösers (Werkstatt von Andrea Pisano). Der Innenraum ist einfach mit Wänden, die in horizontalen Streifen aus zweifarbigem Marmor gehalten sind. Auf dem Hochaltar befinden sich Statuen, die Nino und Andrea Pisano, der Madonna mit dem Kind, dem hl. Johannes dem Täufer und dem hl. Petrus zugeschrieben werden.

Der Tabernakel an der linken Wand hielt einst das Relikt des Dorns, jetzt in der Kirche von S. Chiara; In der Vorderwand befindet sich der Altar, auf dem einst die Madonna del Latte von Andrea und Nino Pisano stand (heute im Museum S. Matteo). Wegen des Absinkens musste die Kirche häufig repariert werden, und Mitte des 19. Jahrhunderts wurde beschlossen, sie zu demontieren und in eine höhere Position über dem Flussbett zu bringen, wo sie errichtet wurde, was zur Folge hatte, dass die Sakristei und mehrere zerstört wurden Statuen verloren