Pomysł Cosimo I de 'Medici polegał na budowie stoczni w Pizie dla statków potężnej floty toskańskiej. Było to częścią szerszego planu przywrócenia Pizy do jej dawnej świetności, po upadku w ruinę po poddaniu się Florencji w 1509 r. W 1562 r. Ustanowiono Zakon Rycerzy św. stocznia zaprojektowana przez Buontalentiego była częścią tego planu. W 1540 r. Była już w pełni sprawna, aw 1546 r. Ta nowa stocznia zbudowana przez Medicis uruchomiła pierwszą galera, która ma zostać zbudowana w całości przez lokalnych rzemieślników.

Stocznia została zbudowana w ośmiu przejściach, każda o długości około 60 metrów, wysokości 8 metrów i szerokości 10 metrów. Wkrótce stocznia musiała zostać powiększona. tak więc w 1563 r. musiała zostać przeniesiona pobliska „Giardino dei Semplici” (leczniczy ogród ziołowy). Jednak konkurencja ze strony stoczniowców w Livorno i Portoferraio oraz zmiany w polityce morskiej wkrótce zaczęły powodować powolny, ale nieubłagany spadek, aż w połowie XVIII wieku, za rządów rodziny Lorena, budynki zostały zaadaptowane na stajnie dla koni dragonów pułk.

Teraz, w odnowionej części budynków stoczniowych, prezentowane są bardzo ważne znaleziska archeologiczne. Są to wraki i przedmioty codziennego użytku odzyskane ze starożytnego etruskiego i rzymskiego portu. (V wiek pne do V wieku ne) w pobliżu dzisiejszego dworca kolejowego San Rossore. Obiekty te mają stać się centralnym punktem przyszłego muzeum Starożytnych Statków.