Otwarte w 1854 r. I wzbogacone do 1926 r. Głównie przez dyrektorów anatomicznych Paolo Gaddi i Giuseppe Sperino, muzeum ma około stu tysięcy sztuk wyświetlanych zgodnie z kryterium anatomii opisowej, to znaczy celów dokumentacyjnych różnych aparatów ludzkich.

Wśród naturalnych preparatów, liczba pojedyncza to zbiór szkieletów płodu w pozycji wyprostowanej, utrwalonych w różnych postawach (49 okazów od drugiego do ósmego miesiąca wzrostu) i trzy mumie żeńskie wykonane w XIX wieku.

Istnieją również dwie kolekcje czaszek: kolekcja etnograficzno-antropologiczna Gaddiego i interesujące jądro czaszek sklasyfikowane zgodnie z teorią Lombroso, twórcy antropologii kryminalnej.

Anatomiczne woski wykonane w drugiej połowie XIX wieku przez modelarza woskowego Remigio Lei, na Uniwersytecie w Modenie jako modelarza Instytutu Anatomii i osiemnastowiecznej malowanej terakocie, prawie wszystkie zasługują na szczególną uwagę. naturalnej wielkości, przedstawiający różne etapy ciąży i porodu, dzieło Giovana Battisty Manfrediniego z Bolonii pod kierunkiem anatoma Francesco Febbrari.

Muzeum pochodzi z początkowego jądra, zbudowanego za panowania Francesco III d'Este i odpowiadającego obecnemu parterowi, z włączeniem loggii, teatru anatomicznego i niektórych sąsiednich pomieszczeń.

Inauguracja Teatru odbyła się w 1775 r. dzięki zaangażowaniu słynnego anatoma Antonio Scarpy, profesora anatomii na Uniwersytecie w Modenie. Projekt teatru opracował sam Scarpa, inspirowany teatrem anatomicznym Uniwersytetu w Padwie, najstarszym we Włoszech.

W tej pierwszej fazie muzeum nie zostało jeszcze zrozumiane, jednak niektóre zachowane tam fragmenty pochodzą z tego okresu; wiadomo na przykład, że ten sam Scarpa zaprosił do Modeny ceroplast Giovan Battista Manfredini, który wcześniej wykonał około pięćdziesięciu modeli przedmiotów położniczych w terakocie, aby wykonać różne przygotowania, teraz niedostępne.

Od momentu inauguracji fizjonomii muzeum, z czterema pokojami komunikującymi się, tablice ogłoszeń i okna typowego XIX-wiecznego układu pozostały niezmienione: wynika to z wyświetlania na tablicach ogłoszeń trzeciego pokoju także przygotowań związane ze zwierzętami, ze względu na fakt, że przez długi czas anatomia porównawcza była integralną częścią badań anatomicznych.