La chiesa fu costruita in tempi molto lunghi tanto che, iniziata nel 1244, non era ancora terminata nel 1445. Nel 1535 fu ristrutturata completamente insieme al monastero adiacente.

Nel 1798 fu adibita ad usi militari, subendo così un rapido degrado fino a che, nel 1828 il Duca Francesco IV la fece restaurare riaprendola al culto.

All'interno è possibile ammirare la Deposizione del Cristo dalla Croce, un gruppo di tredici statue realizzate intorno al 1523 dal Begarelli per la Chiesa di Santa Cecilia e qui trasferito nel 1828.