La figure de San Filippo Neri, «Apostolo di Roma», canonisée en 1622, est historiquement liée à l'église de S. Maria in Vallicella. En 1548, Filippo Neri, défini par le peuple comme «Pippo buono», fonda la Confraternita dei Pellegrini e dei Convalescenti, qui visait à aider les pèlerins dans le besoin qui arriveraient à Rome. En guise de reconnaissance pour ses efforts, Gregorio XIII lui a offert en cadeau l’église de Santa Maria in Vallicella, déjà documentée à partir de C. XII (ainsi appelée pour la présence d’un bassin).

La reconstruction de l'église (qui lui donna la définition de Chiesa Nuova), commencée en 1575 par Pietro Bartolini de Città di Castello, se poursuivit jusqu'en 1583 avec Martino Longhi il Vecchio. En 1599, l'église fut consacrée alors que la façade fut achevée au début des années 1600, sur le modèle de la Chiesa del Gesù. La façade, achevée en 1605, comprend deux ordres articulés en bandes de pilastres corinthiens. Dans la partie inférieure, le portail central s'ouvre avec des colonnes et des portails plus petits. Dans l'ordre supérieur, on trouve une fenêtre avec une balustrade au milieu de colonnes qui soutiennent un tympan incurvé. Sur les côtés, il y a deux niches avec les statues de San Girolamo et San Gregorio Magno.

L'intérieur, avec trois nefs et une toiture voûtée, présente un grand hall central bordé de chapelles communicantes. La toiture, le dôme et l’abside de la nef principale renferment des fresques de Pietro da Cortona. L’autel est décoré par le chef-d’œuvre de Rubens «Angeli in Venerazione della Madonna» (1608), un tableau qui recouvre l’ancienne toile de la Vergine con Bambino; Rubens a également réalisé les toiles des deux côtés représentant «SS. Gregorio Magno, Mauro e Papia ”et SS. Domitilla, Nereo et Achilleo ”(1608).

À gauche du presbytère se trouve la chapelle dédiée à SanFilippo Neri, riche de marbres précieux, de pierres semi-précieuses et de nacre. Dans la sacristie, qui a été réalisée en 1629, on trouve également des œuvres de Pietroda Cortona, Alessandro Algardi, Guido Reni, Guercino.