La Chiesa di San Francesco (en italien "Eglise de Saint François") est une église catholique romaine fondée par l'ordre des franciscains en 1304, mais elle n'a été consacrée qu'en 1459, lorsque le pape Pie II a célébré la cérémonie.

Supprimé en 1782, il fut mis à sac en 1797 pendant les guerres napoléoniennes et transformé en arsenal en 1811. Toujours utilisé à des fins militaires au début de la Seconde Guerre mondiale, il fut dévasté par des bombardements durant la guerre. La Cappella Gonzaga, avec ses fresques représentant la vie de saint Louis de Toulouse (italien: San Ludovico d'Angiò), a été conservée et récemment restaurée. Ces fresques auraient été peintes par Serafino de 'Serafini, un artiste actif à Modène au XIVe siècle. L'église a été reconstruite dans les styles roman et gothique. À présent, on peut voir certaines des fresques originales illustrant saint François reçoit les stigmates de Stefano da Verona. Le travail d'Andrea Mantegna, St. Bernardino de Sienne entre deux anges, était à l'origine ici mais il se trouve maintenant à la Pinacothèque de Brera à Milan, en Italie.

Dans la Cappella Gonzaga :, construits entre 1369 et 1484, ont été enterrés: Guido Gonzaga, 2e capitale du peuple de Mantoue, Ludovico II Gonzaga, 3ème capitale du peuple de Mantoue, Francesco I Gonzaga, 4ème capitale du peuple de Mantoue, Margherita Malatesta, deuxième épouse de Francesco I Gonzaga, Gianfrancesco Gonzaga, 5ème capitale du peuple de Mantoue, Rodolfo Gonzaga, fils de Ludovico III, 2e marquis de Mantoue, Francesco Cardinal Gonzaga, fils de Ludovico III, 2e marquis de Mantoue.

Également à l'église ont été enterrés d'autres notables: Giovanni dalle Bande Nere, le condottiero, enterré en armure complète en 1526, le bienheureux Alberto Gonzaga en 1321, Guido Torelli, fondateur de la noble famille de Torelli, en 1449 Cristoforo I Torelli, fils de Guido, en 1460, Francesco Secco, le condottiero qui possédait la chapelle familiale, en 1496.