La idea de Cosimo I de 'Medici fue construir un astillero en Pisa para los buques de la poderosa flota toscana. Formaba parte de un plan más amplio para devolver a Pisa su antiguo esplendor, después de su caída en mal estado después de rendirse a Florencia en 1509.

En 1562, la Orden de los Caballeros de San Esteban fue instituida, también, con El astillero diseñado por Buontalenti, fue parte de este plan. En 1540 ya estaba en pleno funcionamiento, y en 1546 este nuevo astillero construido por los Medicis lanzó la primera galera en ser construida en su totalidad por artesanos locales.

El astillero fue construido en ocho pasillos, cada uno de aproximadamente 60 metros de largo, 8 metros de alto y 10 metros de ancho. Pronto el patio tuvo que ser ampliado. por eso, en 1563, el cercano "Giardino dei Semplici" (jardín de hierbas medicinales), tuvo que ser reubicado. Sin embargo, la competencia de los constructores navales en Livorno y Portoferraio y los cambios en la política marítima pronto comenzaron a causar un lento pero inexorable declive hasta que, a mediados del siglo XVIII, bajo el gobierno de la familia Lorena, los edificios se adaptaron al establo para los caballos de los Dragones regimiento.

Ahora, en la parte renovada de los edificios del Astillero, se encuentran algunos hallazgos arqueológicos muy importantes. Estos son restos y objetos de uso diario recuperados del antiguo puerto etrusco y romano. (Siglo V aC hasta siglo V dC) cerca de la estación de tren de San Rossore de hoy. Estos objetos se convertirán en el punto focal del futuro museo de los antiguos barcos.