Muzeum Historii Naturalnej Morza Śródziemnego znajduje się w niewielkiej odległości od Muzeum Miejskiego Giovanni Fattori. Mieści się on w zabytkowej willi Henderson i można do niej dojechać linią CTT Nord (dawniej ATL), z przystankami przy Via Roma lub Piazza Matteotti.

Początki muzeum sięgają 1929 roku wraz z nabyciem bogatego materiału obecnego w gabinecie Instytutu Technicznego Vespucci; po drugiej wojnie światowej, która spowodowała utratę kolekcji, muzeum zostało ponownie otwarte w Miejskim Akwarium Diacinto Cestoni, aw 1980 r. przeniesione do siedziby Villa Henderson.

Willa należała do Antonio Orlandiego w 1762 roku, a później przeszła do Filippi, Guebharda, a następnie do Webba Jamesa. W 1917 r., Po przynależności do rodziny Bracchini, stał się własnością George'a Hendersona, którego rodzina należała do brytyjskiej społeczności miasta od końca XVIII wieku. Po jego śmierci w 1934 r. Budynek, który w tym czasie składał się z trzydziestu pokoi i dużego parku, przeszedł na prowincjonalną administrację Livorno. Ogród nadal częściowo zachowuje typowy układ „angielski”, urodzony pod koniec XVIII wieku. Na uwagę zasługują odmiany obecnych gatunków drzew, które z sześciokątną fontanną i małą kamienną jaskinią z trzema małymi łukami, pokryte spontaniczną roślinnością, wzbogacają środowisko zdominowane przy wejściu przez wiekową sosnę.

Dzisiejszy kompleks składa się z prawdziwej willi, w której znajdują się biura administracyjne oraz nowej sekcji, opracowanej na trzech piętrach, która obejmuje 4 trasy podzielone na 3 sale wystawowe: Sala dell'Uomo, Sala Geopaleontologii, Sala dell'Uomo nel Mediterraneo, Pokój anatomii porównawczej kręgowców. Piąta ścieżka, zainaugurowana w 2009 r., Dotyczy lotu w naturze i oferuje przegląd strategii opracowanych przez organizmy roślinne i zwierzęce od czasów prehistorycznych po czasy obecne. W tym samym kompleksie znajduje się planetarium i audytorium (z ponad 100 miejscami) wyposażone w najnowocześniejszy sprzęt do odtwarzania dźwięku i obrazu. Wewnątrz zabytkowego ogrodu znajduje się budynek, w którym znajduje się biblioteka historyczno-naukowa: z kolekcją około 5000 woluminów i ponad 400 czasopism, skatalogowanych i dostępnych publicznie po wcześniejszym umówieniu, jest to doskonałe centrum dokumentów i baza danych dla obszaru śródziemnomorskiego.
Również w historycznym ogrodzie znajduje się Sala Bezkręgowców, poświęcona wielu odmianom istot żywych należących do kategorii bezkręgowców, wodnych i lądowych, zarówno prymitywnych, jak i bardziej rozwiniętych: część pokoju dotyczy gatunków morskich (takich jak gąbki, mięczaki, szkarłupnie), podczas gdy drugi sektor obejmuje stawonogi lądowe (na przykład pajęczaki, chrząszcze, odonaty i inne).

W pokoju morskim, oprócz dioram rekonstruujących dno Morza Śródziemnego, wystawiono szereg szkieletów waleni morskich, wśród których znajduje się okaz wieloryba znalezionego w Piombino w 1990 r. Pawilon, zbudowany specjalnie dla Ekspozycja na publiczność waleni, która przypomina swoją formę w konstruktywnej architekturze, oferuje bogatą dokumentację dotyczącą wszystkich gatunków ryb, ssaków, żółwi i ptaków Morza Śródziemnego.

W 2003 r. zainaugurowano Centrum Edukacji Ekologicznej, składające się z szeregu laboratoriów wyposażonych w najnowocześniejszy sprzęt: na terenie tego wielofunkcyjnego centrum, które reprezentuje sekcję edukacyjną muzeum, instytut muzeum jest w stanie promować, nie tylko na terytorium prowincji, ale na znacznie szerszym obszarze, całą serię działań mających na celu rozwój edukacji na rzecz edukacji ekologicznej: centrum rozciąga się od botaniki po zoologię, od chemii po archeologię , od genetyki do antropologii.
Muzeum wyposażone jest w Laboratorium Ochrony Plazmy Germplazmowej, rozbudowane w 2009 r. w istniejącą strukturę, w której bank nasion głównych gatunków śródziemnomorskich jest przechowywany i przechowywany w sposób komputerowy. Działalność prowadzona w ramach tego sektora ma na celu przede wszystkim ochronę gatunków zagrożonych wyginięciem i ma aktywne kanały wymiany z innymi europejskimi bankami plazmy zarodkowej.

Istnieje również ogród botaniczny, który jest zewnętrzną projekcją pomieszczeń muzealnych. Proponuje florę basenu Morza Śródziemnego, ze szczególnym uwzględnieniem prowincji Livorno i jej archipelagu