Queste catacombe, estese su quattro livelli, sorgevano in un profondo avvallamento, usato come cava di pozzolana
e detto "ad catacumbas", una denominazione che in epoca moderna è divenuta sinonimo di cimitero sotterraneo. Usate già come luogo funerario pagano, si trasformarono in necropoli cristiana verso la fine del II secolo, dedicate ai SSan Pietro e Paolo. La tradizione vuole che qui fossero nascosti, in una "cella memoriae" i resti dei due Santi prima della costruzione delle due basiliche sul Colle Vaticano e sulla via Ostiense. Solo nel IV secolo le catacombe hanno preso la denominazione attuale che deriva dal nome del Santo che qui fu deposto dopo la morte (298). Il giovane Sebastiano aveva preferito subire il supplizio delle frecce piuttosto che abiurare alla fede cristiana, ma non essendo deceduto, aveva sfidato l'imperatore Diocleziano non appena si era rimesso in forze. Questi lo aveva fatto condurre all'ippodromo del Palatino dove era stato ucciso a colpi di bastone e il suo corpo gettato nella Cloaca Massima. Miracolosamente apparso in sogno alla matrona Lucina, fu raccolto pietosamente da questa nelle sue spoglie mortali e trasportato presso le catacombe che da lui presero il nome. La visita di queste catacombe comprende l'accesso solo a determinati settori: nella regione più profonda, dal cubicolo di Giona, così denominato per gli affreschi del IV secolo che lo decorano e che raffigurano quattro scene riguardanti la vita di quel personaggio biblico, si arriva alla cripta di San Sebastiano e alla piazzola dove si aprono tre mausolei pagani utilizzati successivamente anche dai Cristiani. Il primo di questi mausolei è detto di "Marcus Clodius Hermes" dal nome del proprietario iscritto sulle pareti ed è decorato esternamente e internamente con pitture; una testa di Gorgone decora la volta. Il secondo è chiamato degli "Innocentiores" e presenta due camere la cui volta è decorata con stucchi raffinati e vani con iscrizioni e graffiti. Infine il terzo mausoleo è denominato dell' "ascia" per l'arnese raffigurato sul timpano del frontone. Dalla piazzola si accede ad un ambiente soprastante detto "Triclia" , luogo dove si celebravano banchetti funebri e sopra i resti del quale fu edificata, nel IV secolo la basilica Apostolorum, oggi ricordata come basilica di S. Sebastiano.