Nella cornice del trecentesco monastero di San Francesco, nel 1996 è stata aperta la prima sezione del Museo Storico della Città di Bergamo.  

Il percorso espositivo si apre con una fedele ricostruzione dell'albero della libertà, innalzato nel marzo 1797 durante i giorni della Repubblica bergamasca. Già in questa prima sezione la città, la sua forma urbis, le sue architetture diventano i protagonisti dell'esposizione: mappe tematiche digitalizzate e due computer aiutano ad orientarsi nella storia urbana di Bergamo. 

La sezione dedicata al periodo 1815-1847 prende in esame lo sviluppo manifatturiero, particolarmente legato al settore serico, e lo sviluppo economico e sociale della fiera di Bergamo. Per il biennio 1848-1849 si sono indagate le diverse componenti politiche e sociali, rappresentate non solo attraverso oggetti di guerra, ma anche grazie ai gadget rivoluzionari quali ventagli tricolori, tazzine, sciarpe, bandiere, quadri patriottici. Il decennio 1849-1859 occupa una parte consistente dell'esposizione perché molti dei suoi uomini hanno avuto importanti incarichi nazionali. Il gonfalone di Bergamo si fregia del titolo "Città dei Mille". 

Furono infatti 174 i bergamaschi che accorsero con Garibaldi a Quarto: le fotografie, i busti e i quadri non solo ci restituiscono i volti dei partecipanti, ma anche la loro estrazione sociale e politica. Il percorso prosegue ripercorrendo il ruolo avuto dai bergamaschi nel completamento dell´unificazione dopo il 1860 e presentando la realtà cittadina e provinciale: la conformazione urbana e del territorio, l´organizzazione assistenziale pubblica e privata, il sistema scolastico e la situazione produttiva, che vede la coesistenza di attività e metodi di lavoro tradizionali con un sempre più intenso sviluppo industriale, documentato da una postazione multimediale. 

Chiude l´esposizione la ricostruzione di Porta Nuova, simbolo del ruolo egemone assunto in quel periodo dell´abitato in piano rispetto a quello sul colle.