La iglesia fue construida en nombre de los Barnabitas (sacerdotes católicos pertenecientes a la Orden de los Clérigos Regulares de San Pablo) entre 1606 y 1611 y fue diseñada por el arquitecto Ambrogio Mazenta. Entre 1634 y 1636, la iglesia fue enriquecida por Ercole Fichi, quien agregó una fachada elegante.
Dentro del edificio, las bóvedas fueron magníficamente decoradas por Antonio y Giuseppe Rolli, quienes tomaron las obras de San Pablo en el Areópago en Atenas.
Sobre el altar hay algunas valiosas pinturas de grandes maestros boloñeses, como Guercino, Giuseppe Maria Crespi (también conocido como Lo Spagnolo - The Spanish) y Lodovico Carracci, quien retrató el conocido "Paradiso".
El suntuoso altar mayor (1643-1650) es particularmente hermoso; allí, se puede admirar la escultura que representa "Decollazione di San Paolo" ("Decollación de San Pablo"), que ahora se destaca en el centro: fue encargada por los Barnabitas y construida por el boloñés Alessandro Algardi (que también construyó el medallón que cubre El frente del altar y el tabernáculo).