El 7 de junio de 1981 el arzobispo de Bari Mons. Mariano Magrassi erigió el Museo Diocesano en Bari. La intención fue inspirada por los dictados del Concilio Ecuménico Vaticano II, para evitar "los muebles sagrados y las obras que son ornamentos preciosos de la casa de Dios, que se venden o se dispersan". Inicialmente, sirvió como un espacio de almacenamiento para obras de arte y muebles sagrados de iglesias en un estado de abandono de la antigua ciudad de Bari y de toda la diócesis. El Museo se inauguró oficialmente el 16 de junio de 1983. El 12 de septiembre de 1996 se creó la primera exposición de la sala del Tesoro, la sala Exultet y la galería de arte. El 11 de septiembre de 1998, se inauguró en la segunda parcela el establecimiento del lapidario del Salón de la Bendición, Exultet II y III y el salón de las vestiduras de la iglesia. Después del desplazamiento de las oficinas de la Curia por el arzobispo Francis Cacucci, el área restante del primer piso fue diseñada como un museo.