Inaugurado el 9 de mayo de 1999, se estableció el Museo Judío de Bolonia (MEB, Museo Ebraico di Bologna) con el objetivo de preservar, estudiar y promover la rica herencia cultural judía profundamente arraigada en Bolonia y otros lugares en Emilia Romagna.
Debido a la relativamente pequeña presencia judía en Bolonia y Emilia Romagna (500 individuos divididos entre Bolonia, Ferrara, Módena y Parma), el museo fue desarrollado principalmente para visitantes no judíos. Además del judaísmo desde sus orígenes hasta hoy en día, el tema principal del museo es la presencia antigua de judíos en Bolonia y Emilia Romagna.

Los diferentes medios de comunicación (video, gráficos y CD-ROM) ayudan tanto a los visitantes como a los investigadores especializados a analizar la historia milenaria de la población judía, que también está narrada por testimonios provenientes de sinagogas, cementerios, antiguos guetos. (muebles, artefactos religiosos, libros sagrados). También se sugieren itinerarios históricos fuera del museo.

El sistema de museos judíos de Emilia Romagna tiene su base informativa y cultural en el Museo Judío de Bolonia y un patrimonio arquitectónico, artístico, educativo y documentado en el territorio de Bolonia.

El museo cubre un área de 800 metros cuadrados, divididos en tres secciones: 'exposición permanente', 'actividades temporales' y 'documentos y biblioteca'.

En la sección de "exposición permanente" del museo, un visitante puede aprender sobre la historia de la identidad judía. Esta historia se ilustra a lo largo de casi 4000 años.

La sección de 'actividades temporales' promueve un rico programa de iniciativas semanales: cursos y talleres sobre el idioma, el arte y la cultura judía, conferencias, presentaciones de libros, reuniones y debates, espectáculos y conciertos, visitas guiadas y talleres. Además, el museo organiza viajes para aprender más sobre el rico patrimonio histórico artístico judío.

La sección de actividades temporales también alberga una librería especializada en textos hebreos. Con casi 800 títulos, ofrece una visión completa de la cultura judía.

La tercera sección alberga una biblioteca con más de 2000 volúmenes, un archivo de documentos y acceso a Internet para los visitantes, necesarios para consultas sobre el contenido del museo.

En 2000, el Museo Judío de Bolonia ganó un prestigioso premio como la mejor organización para la comunicación de museos en 1999 de la Asociación Italiana de Diseño Industrial.