La Basilica di San Francesco, dedicata in origine ai Santi Apostoli e poi a San Pietro, risale alla metà del V secolo d.C. Ben poco rimane, però, della prima chiesa paleocristiana, soprattutto a causa dei continui rifacimenti che hanno interessato l'edificio nel corso dei secoli (il robusto campanile quadrato risale al X-XI secolo), sino a quelli radicali di fine Settecento.

L'attuale denominazione si deve ai frati minori francescani che, tra il 1261 e il 1810, e poi di nuovo tra il 1949 sino a oggi, la scelsero come loro sede. Durante il periodo medievale divenne la chiesa prediletta dei Polentani, signori della città e ospiti di Dante, e probabilmente la più frequentata dal poeta stesso, i cui funerali si celebrarono qui nel 1321. Le spoglie del Sommo Poeta riposano ancora oggi nell'adiacente Tomba di Dante.

Come spesso accadeva alle chiese ravennati, anche San Francesco fu più volte sopraelevata. Il piano originario della basilica si trova, infatti, a 3,6 metri al di sotto dell'attuale livello stradale.

La chiesa a tre navate presenta linee assai semplici, con la facciata in umile laterizio a vista movimentata al centro da una piccola bifora. Attraverso una finestra posta sotto l'altare maggiore, costituito da un sarcofago del V secolo, si scorge la cripta del X secolo, un ambiente a forma di oratorio sorretto da pilastrini destinato ad ospitare le reliquie del vescovo Neone, fondatore della chiesa. Il pavimento della cripta è costantemente sommerso dall'acqua, che tuttavia permette di ammirare i frammenti musivi del pavimento della chiesa originaria.