Nei primi secoli del cristianesimo, nel luogo dell’attuale chiesa, sorse una piccola edicola dedicata alla Madonna dell’Elemosina, da qui l’origine del nome della chiesa. Il tempio, che nei secoli divenne sempre più importante, fu frequentato dai re aragonesi e dalla loro corte per questo (nel 1396) ebbe il titolo di "Regia cappella". Con bolla del 31 marzo 1446, Papa Eugenio IV vi istituì un collegio di canonici, scegliendoli tra i sacerdoti delle altre chiese della città; di qui il titolo di Collegiata.

Dopo il terremoto del 1693 venne ricostruita nello stesso luogo dell’antica chiesa ma rovesciata, con la facciata disposta lungo la via Etnea. Questa nuova collocazione consentiva alla chiesa di affacciarsi sulla via più larga e importante della Catania risorta dalle distruzioni. L’edificazione della chiesa settecentesca si deve all’architetto Antonio Amato su progetto del gesuita Angelo Italia. La facciata, opera straordinaria di Stefano Ittar (1758), è mossa da tutta una serie di concavità e convessità che conferiscono all’insieme musicalità ed armonia.