Le musée d'histoire naturelle de la Méditerranée se trouve à proximité du musée civique Giovanni Fattori. Il est situé dans l'historique Villa Henderson et est accessible via la ligne CTT Nord (anciennement ATL), avec des arrêts sur la Via Roma ou la Piazza Matteotti.

Les origines du musée remontent à 1929 avec l'acquisition du riche matériau présent dans le cabinet de l'Institut technique Vespucci; Après la seconde guerre mondiale, qui a entraîné la perte de la collection, le musée a été rouvert à l'aquarium municipal de Diacinto Cestoni et, en 1980, il a été transféré au siège de la Villa Henderson.

La villa a appartenu à Antonio Orlandi en 1762 et a ensuite été transmise aux Filippi, Guebhard et ensuite à Webb James. En 1917, après avoir appartenu à la famille Bracchini, il devint la propriété de George Henderson, dont la famille appartenait à la communauté britannique de la ville depuis la fin du XVIIIe siècle. Après sa mort en 1934, le bâtiment, composé à l’époque de trente chambres et d’un grand parc, passa à l’administration provinciale de Livourne. Le jardin conserve encore partiellement le tracé typiquement "anglais", né à la fin du XVIIIe siècle. Il convient de noter les variétés d’espèces d’arbres présentes qui, avec une fontaine hexagonale et une petite grotte en pierre avec trois petites arches, recouvertes d’une végétation spontanée, enrichissent l’environnement dominé à l’entrée par un pin centenaire.

Le complexe se compose aujourd'hui de la villa où se trouvent les bureaux administratifs et de la nouvelle section, développée sur trois étages, qui comprend 4 voies divisées en 3 halls d'exposition: la Sala dell'Uomo, la Sala de géopaléontologie, la Sala dell'Uomo nel Mediterraneo, la salle d'anatomie comparée des vertébrés. Un cinquième sentier, inauguré en 2009, concerne le vol dans la nature et offre un aperçu des stratégies développées par les organismes végétaux et animaux de la préhistoire à nos jours. Dans le même complexe se trouvent le planétarium et un auditorium (plus de 100 places) doté des équipements les plus modernes pour la reproduction sonore et visuelle. À l'intérieur du jardin historique se trouve le bâtiment où se trouve la bibliothèque historico-scientifique: avec sa collection d'environ 5 000 volumes et plus de 400 magazines catalogués et accessibles au public sur rendez-vous, c'est un excellent centre de documentation et de base de données. pour la région méditerranéenne.
Toujours dans le jardin historique se trouve la salle des invertébrés, dédiée aux nombreuses variétés d'êtres vivants appartenant à la catégorie des invertébrés, aquatiques et terrestres, à la fois primitifs et plus évolués: une partie de la salle concerne les espèces marines (telles que éponges, mollusques, échinodermes), tandis qu'un deuxième secteur concerne les arthropodes terrestres (par exemple, les arachnides, les coléoptères, les odonates et autres).

Dans la salle des mers, en plus des dioramas qui reconstruisent les fonds marins de la Méditerranée, une série de squelettes de cétacés marins est exposée, parmi laquelle se trouve un spécimen de baleine commune trouvé à Piombino en 1990. Le pavillon, construit spécialement pour la Exposée au public du cétacé et qui rappelle sa forme dans son architecture constructive, elle offre une riche documentation sur toutes les espèces de poissons, mammifères, tortues et oiseaux de la mer Méditerranée.

En 2003, le Centre d'éducation environnementale a été inauguré. Il consiste en une série de laboratoires dotés des équipements les plus modernes: dans les locaux de ce centre polyvalent, qui représente la section pédagogique du musée, l'institut Le musée est en mesure de promouvoir, non seulement pour le territoire provincial, mais dans un domaine beaucoup plus large, toute une série d’actions visant à développer l’éducation à l’éducation environnementale: le centre va de la botanique à la zoologie, de la chimie à l’archéologie , de la génétique à l’anthropologie.
Le musée est équipé du Laboratoire de conservation du germplasm, développé en 2009 dans la structure existante, dans lequel une banque de semences des principales espèces méditerranéennes est stockée et stockée de manière informatisée. L’activité exercée dans ce secteur vise avant tout à protéger les espèces menacées d’extinction et comporte des voies d’échange actives avec d’autres banques de matériel génétique européen.

Il y a aussi un jardin botanique qui est la projection extérieure des salles du musée. Il propose à nouveau la flore du bassin méditerranéen, avec une référence particulière à la province de Livourne et à son archipel