Das Museo di Storia Naturale der Universität von Pavia wurde 1771 im Auftrag von Maria Theresia von Österreich gegründet, die Lazzaro Spallanzani, Inhaber des Lehrstuhls für Naturkunde, zum Direktor ernannte. Die Sammlungen wurden unter seiner Leitung durch Einkäufe, Austausch und Spenden beträchtlich erweitert, und das Museum wurde bald zu einem der berühmtesten seiner Art in Europa.

Das 19. Jahrhundert erlebte eine zweite Prachtphase mit einer weiteren Ausweitung der Sammlungen, nicht zuletzt durch die Beiträge großer Forscher.

Das Museum beherbergt derzeit das antike Material in verschiedenen Räumlichkeiten. Der Bereich Zoologie umfasst Tausende von ausgestopften Vögeln und Säugetieren, zahlreiche Amphibien, Reptilien und Fische, die in Flüssigkeit eingelegt sind, und eine sehr umfangreiche Insektensammlung.

Die Abteilung für vergleichende Anatomie umfasst Präparationen von Organen und angebauten Skeletten. Die wichtige Abteilung für Paläontologie umfasst über 30.000 Exemplare fossiler Tiere und Pflanzen.