Das Baptisterium wurde 1152 gegründet, aber es dauerte mehr als zwei Jahrhunderte, bis es fertiggestellt war. Der erste Bauabschnitt bis zur ersten Reihe der Bögen wurde vom Architekten Diotisalvi geleitet. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts übernahm Guidetto die Leitung der Türen und Wände bis zum oberen Teil des Rundgangs. Nach 1260 arbeitete Nicola Pisano an der Außenmauer bis zur Höhe der Bögen in der Außengalerie, aber Giovanni Pisano fügte die Giebel darüber hinzu. Die Arbeit wurde dann lange Zeit unterbrochen und begann erneut in der Mitte des 13. Jahrhunderts, als die Frauengalerie fertiggestellt und die Taufkapelle überdacht war. An der Unterseite dieses kreisförmigen Gebäudes befinden sich eine Reihe von runden Torbögen, die durch geschlitzte Fenster und vier Türen unterbrochen und durch Säulen an den Wänden abgestützt sind. Darüber befindet sich eine Galerie gewölbter Säulen mit kunstvoll geschnitzten Giebeln. Leere Räume in dieser Galerie sind darauf zurückzuführen, dass einige Statuen in das nahegelegene Opernmuseum gebracht wurden. Diese Bögen sind in und nach 1265 mit von Nicola Pisano und seiner Werkstatt geschnitzten Menschenköpfen geschmückt.

Oben erhebt sich die Kuppel, umrahmt von einer Reihe dreieckiger Marmor-Aedicules mit zwei Spitzen. An der Spitze befindet sich eine Statue aus vergoldetem Kupfer des hl. Johannes des Täufers, die 1395 von Turino di Sano da Siena hergestellt wurde. Die Tür gegenüber der Kathedrale wurde zwischen 1203 und 1204 von Bildhauern aus dem griechisch-byzantinischen Stil dekoriert Kultur; Der Zyklus wird von zwei Säulen flankiert, die in Laubspiralen eingemeißelt sind.

Im Inneren des Baptisteriums befindet sich ein aus acht Säulen bestehender Kreis aus dem Jahr 1163, dessen Kapitelle von Guidetto Ende des 12. Jahrhunderts in menschliche und tierische Formen gehauen wurden. Darüber befindet sich die Frauengalerie, die von archivolted Pilastern geteilt wird. Die gewölbte Decke des Baptisteriums hat einen einfachen Putz. In der Mitte dieses Gebäudes, auf drei Stufen, befindet sich der achteckige Taufstein, der 1246 von Guido Bigarelli da Como hergestellt wurde. Der Sockel ist aus polychromem Marmor und die Wände bestehen aus Marmorplatten, die mit geometrischen und Roseneinlagen verziert sind . Eine ähnliche Verzierung ist auf dem Altar zu sehen, hinter dem sich die Barriere des Presbyteriums befindet.

Die von Nicola Pisano zwischen 1259 und 1260 geschnitzte Kanzel befindet sich in der Nähe der Südtür. Sie hat eine hexagonale Form und ruht auf sieben Säulen, die von Löwen und menschlichen Formen getragen werden. Die von kleinen Säulen getrennten Tafeln sind mit Geschichten aus dem Leben Jesu verziert.