Es war Cosimo I de 'Medicis Idee, in Pisa eine Werft für die Schiffe der toskanischen Flotte zu bauen. Es war Teil eines umfassenderen Plans, Pisa nach seiner Übergabe an Florenz im Jahre 1509 in alter Pracht wieder herzustellen.

Im Jahre 1562 wurde der Ritterorden von St. Stephan mit eingeführt Die von Buontalenti entworfene Werft war Teil dieses Plans. Um 1540 war es bereits voll betriebsfähig, und 1546 startete diese von den Medicis gebaute neue Werft die erste Galera, die vollständig von lokalen Handwerkern gebaut wurde.

Die Werft wurde in acht Gängen gebaut, die jeweils etwa 60 Meter lang, 8 Meter hoch und 10 Meter breit sind. Bald musste der Hof vergrößert werden. 1563 musste der nahegelegene "Giardino dei Semplici" (Heilkräutergarten) umgesiedelt werden. Die Konkurrenz der Schiffsbauer in Livorno und Portoferraio und die Änderungen in der Meerespolitik führten jedoch bald zu einem langsamen, aber unaufhaltsamen Rückgang, bis Mitte des 18. Jahrhunderts unter der Herrschaft der Familie Lorena die Gebäude zu Stallungen für die Pferde der Dragoner umgebaut wurden Regiment.

Nun werden im renovierten Teil der Werftgebäude einige wichtige archäologische Funde gezeigt. Hierbei handelt es sich um Wracks und Gegenstände des täglichen Bedarfs, die aus dem antiken etruskischen und römischen Hafen stammen. (5. Jahrhundert v. Chr. Bis 5. Jahrhundert n. Chr.) In der Nähe des heutigen Bahnhofs San Rossore. Diese Objekte sollen zum Mittelpunkt des zukünftigen Museums der Ancient Ships werden.